肛瘺手術3個月了洞口還沒有愈合通常是病情嚴重、治療不徹底、感染發炎等原因導致，要做針對性改善。
1、病情嚴重：
如果患者患病比較嚴重，可能恢復時間要長一些，所以有可能在3個月內無法完全恢復，可以再臨床觀察一段時間，可能在不久后癥狀會有所改善。
2、治療不徹底：
如果在做肛瘺手術時，沒有完全將病區切除，可能會因為殘留病灶，使病情久久不能治愈，一般可以通過再次手術的方式將剩余病灶切除治療。
3、感染發炎：
由于肛瘺手術會在局部留下創傷面，如果在術后沒有注意衛生工作，可能會感染病菌，形成炎癥，影響到病灶恢復，可以遵醫囑服用鹽酸左氧氟沙星片、阿莫西林膠囊、阿莫西林克拉維酸鉀片等藥物治療。
除以上原因外，還有可能是肛瘺復發、合并肛周炎、合并肛周膿腫等原因引起。要積極配合醫生治療，并且在上完廁所后要及時盆浴，有助于身體恢復。