宮外孕通常是指受精卵在子宮體腔以外的部位進行著床、發育，為異常妊娠的情況。宮外孕可通過注射甲氨蝶呤使胚胎壞死、脫落，但胚胎一般不會自陰道排出，通常會在患者腹腔內吸收。
宮外孕注射甲氨蝶呤是一種常用的藥物治療方法，因宮外孕妊娠部位并不在宮腔，多數是在輸卵管，少數情況可能是在宮頸或剖宮產瘢痕處，甲氨蝶呤對新生細胞的敏感性較強，注射甲氨蝶呤后會使局部的滋養細胞壞死，可抑制胚胎生長，對胚胎組織產生破壞，進而使胚胎組織壞死、脫落，如流產過程中較順利，可使組織被人體逐步吸收，需要的時間長短不等，可能需要數月。此外，因甲氨蝶呤對新生細胞的抑制性，不僅可用于治療宮外孕，還可治療滋養細胞腫瘤，如侵蝕性葡萄胎和絨毛膜癌等，均有較好的療效。
宮外孕患者注射甲氨蝶呤后，應密切觀察自身情況，如果注射后患者出現腹痛、陰道出血、腹腔內積血等情況，考慮存在活動性出血，應該改為手術治療。如治療后患者無明顯癥狀，可定期監測HCG和B超。注射過程中還需監測血常規、肝腎功能等，如出現骨髓抑制或肝功能異常，需給予保肝治療。