弓形蟲導致胎兒畸形的發病機制，一般是因為弓形蟲滋養體可使細胞壁發生變化，并進入細胞內，引起正常細胞功能受損。一般的宿主可以產生一定免疫力，消滅一部分蟲體，但是部分未被消滅的蟲體會存在于腦部、眼部，形成包囊。當宿主免疫力低下時，包囊破裂后，釋放出弓形蟲，造成宿主損害，以頭部和眼部畸形為主要表現，如胎兒小頭畸形、脊柱裂、無眼或小眼等畸形，還可能導致肝脾腫大、神經損傷等，致病性比較強。
弓形蟲引起胎兒出現小頭畸形時，后期可表現為前囟閉合較早，身體智力發育落后，語言行為障礙等。臨床上考慮手術治療，擴大腦顱腔，解除顱內高壓，使受壓的腦組織和神經得以生長發育。對于出生后有脊柱裂的胎兒，可就診于神經外科、骨科進行相應的修復治療。對于其他癥狀，也需前往相關科室進行有效治療。
弓形蟲常存在于家寵身體中，因此養寵物需要進行嚴格驅蟲。另外，田螺、龍蝦等食物中也可存在，因此建議孕婦或胎兒進食此類食物前嚴格清洗，完全烹飪熟，避免生食，或者少吃該類食物，幫助預防。