通常情況下，可以通過自我呼吸判斷、專業醫院檢驗等方式判斷厭氧菌口臭。
1、自我呼吸判斷：患者在進行厭氧菌口臭判斷的過程當中，可以通過自我呼吸進行判斷，也就是在呼氣的時候使用手捂住嘴，聞自己呼出的氣體是否存在有口臭的現象。如果存在有口臭的現象，建議患者注意日常口腔清潔，定時刷牙，還需要定時到專業醫院當中進行洗牙，保持口腔內的衛生整潔。
2、專業醫院檢查：在判斷厭氧菌口臭的情況下，患者可以到專業醫院中在專業醫生的指導下，通過儀器進行檢測，檢測口中呼出氣體中硫化氫的含量，再根據這一含量來測定這種口臭是否是由于厭氧菌引起的。厭氧菌一般是由于代謝食物產生的，還有可能是由于全身系統性疾病產生的，需要患者在專業醫生的指導下，通過使用甲硝唑片、替硝唑片等藥物進行治療。