通常沒有進行胎兒超聲心動圖檢查的最佳時間，胎兒超聲心動圖在孕20-24周做比較好。
在孕早期，胎兒心臟結構和功能尚在發育初期，心臟較小，超聲圖像顯示不夠清晰，難以準確觀察和診斷心臟的細微結構和潛在異常。隨著孕周增加，到孕20-24周時，胎兒心臟發育已基本完成，心臟結構清晰可辨。此時，心房、心室、瓣膜、大血管等心臟的各個組成部分都能在超聲圖像中較好地顯示出來。通常可以通過超聲心動圖清晰地觀察心臟的形態、結構，包括室間隔是否完整、瓣膜有無反流、大血管的連接是否正常等，對于先天性心臟病的診斷準確率較高。如果孕周過大，胎兒體位變化可能會影響超聲檢查的視野，增加檢查難度，降低診斷的準確性。
在檢查時孕婦應盡量放松身體，避免因緊張導致胎兒體位不佳影響檢查。