黃芩和黃連的區別主要包括來源不同、性味歸經不同、功效不同、治療病癥不同、禁用人群不同等。建議在醫生指導下應用這兩種藥物，避免擅自用藥影響身體健康。
1、來源不同：黃芩為唇形科黃芩屬植物黃芩的干燥根，而黃連為毛茛科黃連屬植物黃連、三角葉黃連、云連的干燥根莖；
2、性味不同：黃芩味苦、性寒，歸肺經、膽經、脾經、大腸經、小腸經，而黃連味苦、性寒，歸心經、脾經、胃經、肝經、膽經、大腸經；
3、功效不同：黃芩具有清熱燥濕、瀉火解毒、止血、安胎的功效，黃連具有清熱燥濕、瀉火解毒的功效；
4、治療病癥不同：黃芩主要用于治療濕溫、暑濕、胸悶嘔惡、濕熱痞滿、瀉痢、黃疸、肺熱咳嗽、高熱煩渴、血熱吐衄、癰腫瘡毒、胎動不安。黃連可以用于治療濕熱痞滿、嘔吐吞酸、瀉痢、黃疸、高熱神昏、心火亢盛、心煩不寐、心悸不寧、血熱吐衄、目赤、牙痛、消渴、癰腫疔瘡等；
5、禁用人群不同：黃芩和黃連都屬于寒性的中藥材，因此脾胃虛寒的人群建議慎用二者。但其中黃連還具有味苦的藥性，可能會造成陰津虧損，因此陰虛津傷的人群還要慎用黃連。
由于二者在多方面都有區別，因此建議在醫生指導下使用，若不確定自身需要使用哪種藥物，建議前往醫院中醫內科就診，在完善脈診等檢查后，根據醫生診斷正確使用二者中的其中一種進行相關治療。