造成睡覺醒來肚子兩側隱痛等現象的因素較多，常見消化不良、肌肉勞損、胃腸炎、腎結石等。建議及時就醫檢查，根據不同的病因在醫生指導下選擇合適的治療措施。
1、消化不良：部分人睡前暴飲暴食可能會導致消化不良，食物堆積在胃里無法消化后可能會導致胃脹，從而引發睡覺醒來肚子兩側隱痛的現象。出現此類情況，應在醫生的指導下服用多潘立酮片、健胃消食片等藥物進行治療，平時還應該避免在睡前過多進食；
2、肌肉勞損：如果睡覺前劇烈運動，如仰臥起坐、蛙跳，可能會拉傷腰部肌肉，引起睡醒后肚子兩側肌肉疼痛。但此類情況一般隨著時間的推移會自行緩解，疼痛嚴重者可遵醫囑服用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片緩解疼痛，也可以通過按摩、熱敷等方式緩解不適癥狀；
3、胃腸炎：生活中飲食不規律、飲食不潔可能會誘發胃腸炎，導致胃腸黏膜損傷，可引起胃部疼痛，疼痛可放射至肚子兩側，從而引發睡覺醒來肚子兩側隱痛的現象。此類情況下，應在醫生的指導下服用腸炎寧片、左氧氟沙星片等藥物進行治療；
4、腎結石：如果結石比較大，刺激腎臟或者膀胱、尿道后會引起無菌性炎癥，進而導致疼痛。疼痛一般位于腰背部，可放射至肚子兩側，夜間睡眠時體位的改變可能會導致結石位置改變，刺激相應組織后引起疼痛，因此出現睡覺醒來肚子兩側隱痛的情況。此類患者可服用枸櫞酸氫鉀鈉顆粒堿化尿液，從而促進結石溶解，必要時也可通過體外沖擊波碎石術進行治療。