三歲寶寶牙齒黃刷不干凈，可能是刷牙方式不正確、色素沉淀、缺鈣、牙結石、齲病等因素導致的，建議及時就醫，采取日常護理、藥物治療、手術治療。
1、刷牙方式不正確：刷牙不正確導致寶寶的口腔衛生清潔不到位，可能會引起局部菌斑堆積形成發黃的牙垢，一般可以通過擦拭局部進行擦除。
2、色素沉淀：如果常吃含有色素的食物，可能會在牙齒表面沉淀。人體的牙齒一般會輕微發黃，一般不做特殊治療，如果發黃嚴重，可以就醫采取拋光。
3、缺鈣：如果寶寶缺鈣，可能會導致牙釉質發育不良，牙本質暴露，表現為黃色。建議家長日常給寶寶吃含鈣高的食物，比如蝦仁、魚肉、雞蛋等，必要時可以遵醫囑使用五維葡鈣口服溶液、三合鈣咀嚼片、葡萄糖酸鈣維D2散等補鈣劑治療。
4、牙結石：牙結石是附著在牙齒表面的鈣化物質，主要是由唾液中的礦物質、口腔內的細菌、食物殘渣等形成，表面粗糙，易吸附細菌和毒素，導致寶寶的牙齒發黃。建議家長日常幫忙將寶寶牙齒內的牙結石剔除，如果無法剔除，可以就醫采取潔牙術清洗牙結石。
5、齲病：如果寶寶經常吃甜食，可能會腐蝕牙齒，齲病菌侵襲，牙釉質表面形成脫礦或腐蝕暴露出黃色的牙本質，表現出發黃、齲壞，一般建議及時就醫進行拔牙手術，拔除齲壞牙齒。
家長要注意寶寶的口腔衛生，定期進行口腔檢查和保健。