舌咽神經痛手術一般分為微血管減壓術、脈沖射頻手術等，手術不同其風險存在一定差異，兩者的手術風險通常都不算大，但是也不排除出現并發癥的風險。
1、微血管減壓術：屬于微創手術，其手術風險通常比較小，并且治愈率比較高。手術風險主要是由于手術需要開顱，將互相壓迫的血管以及神經分離開，所以在開顱手術中可能會存在并發癥，如顯露術野需吸除大量腦脊液，再加上術后顱內滲血的刺激，可致腦脊液分泌減少，造成低顱壓癥狀，如頭痛、耳鳴、頭暈等，但是出現并發癥的幾率比較小，同時進行麻醉時，也有一定風險，可能出現嘔吐、窒息等問題，但由于目前微血管減壓術已經比較成熟，所以手術風險一般在可控范圍內；
2、脈沖射頻手術：脈沖射頻手術的風險比較小。手術是通過使用脈沖電流，對舌咽神經病變組織進行治療，有定位準確、創傷小，并發癥少等優點，一般不會破壞到神經并且可以進行反復治療。適合藥物治療欠佳，又不想進行微血管減壓術的患者。