通常來說，扁桃體發炎兩天然后咳嗽可能是炎癥加重、風寒感冒、支氣管炎等原因導致的，建議患者在醫生的指導下對癥治療，具體內容如下：
1.炎癥加重：如果扁桃體發炎后患者不注意護理或者未及時治療，導致病情惡化，加重了炎癥，可能會出現咽部疼痛、吞咽困難、扁桃體紅腫、咳嗽等癥狀，所以扁桃體發炎兩天然后咳嗽可能與炎癥加重有關。建議患者在醫生的指導下使用阿莫西林片、鹽酸克林霉素膠囊、復方硼砂含漱液等藥物治療，并且注意飲食清淡，以促進病情好轉。
2.風寒感冒：如果自身的免疫力比較低，也不注意保暖，可能會導致受涼，出現風寒感冒的情況，也會伴隨著扁桃體發炎兩天然后咳嗽的現象。建議患者在醫生的指導下使用藥物治療，常用藥物有風寒感冒顆粒、荊防顆粒、外感風寒顆粒等。
3.支氣管炎：如果患者本身就有支氣管炎，可能會出現咳嗽、咳痰、咽痛等癥狀，所以扁桃體發炎兩天然后咳嗽可能與支氣管炎有關，建議患者在醫生的指導下使用藥物治療，常用藥物有左氧氟沙星片、羅紅霉素片、頭孢呋辛酯片等。