陰莖上長了很多小疙瘩可能是皮脂腺異位癥、珍珠狀陰莖丘疹、包皮龜頭炎、尖銳濕疣、扁平濕疣等因素所致，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，在醫生的指導下選擇日常護理、藥物治療或其他合適的方式進行處理。
1、皮脂腺異位癥：皮脂腺異位癥是由于皮脂腺生理變異而發生在唇部、口腔黏膜及外生殖器部位的增生性病變。其病因尚不明確，可能與局部刺激、內分泌因素等有關。皮脂腺異位癥會導致陰莖上出現針頭大小、孤立的、黃白色小丘疹，一般無自覺癥狀。患者可能還會在局部看到稍隆起的粟粒大小扁平丘疹樣改變等。通常無需特殊治療，若患者覺得影響美觀，可在醫生的指導下使用二氧化碳激光、液氮冷凍等方法進行治療。
2、珍珠狀陰莖丘疹：珍珠狀陰莖丘疹可能與局部刺激、生理發育變異等因素有關。其表現為環繞陰莖冠狀溝的一行或多行珍珠狀、半透明小丘疹，顏色多為白色、黃色或淡紅色，患者一般無明顯不適癥狀。患者可能還會出現丘疹質地較硬、表面光滑等情況。一般無需治療，若患者有治療需求，可在醫生的指導下使用激光療法、冷凍療法等。
3、包皮龜頭炎：包皮龜頭炎可由細菌、真菌等感染引起，也可能與局部刺激、過敏等因素有關。炎癥刺激可導致陰莖上出現紅斑、丘疹、小疙瘩等，常伴有瘙癢、疼痛、紅腫等癥狀。患者可能還會有局部滲出、潰瘍等表現。患者可以在醫生的指導下使用克霉唑乳膏、莫匹羅星軟膏、鹽酸特比萘芬片等藥物進行治療。
4、尖銳濕疣：尖銳濕疣是由人乳頭瘤病毒（HPV）感染引起的性傳播疾病。病毒感染后，會在陰莖等部位出現菜花狀、乳頭狀、雞冠狀的贅生物，初期可能表現為小疙瘩。患者可能還會有局部瘙癢、疼痛、出血等癥狀。患者可在醫生的指導下使用鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏、重組人干擾素α2b乳膏等藥物進行治療，也可根據病情選擇激光治療、冷凍治療、電灼治療等。
5、扁平濕疣：扁平濕疣是二期梅毒的一種皮膚表現，由梅毒螺旋體感染引起。扁平濕疣通常表現為扁平的丘疹或斑塊，表面濕潤，有時可融合成大片，顏色可為暗紅色或灰白色。患者可能還會伴有全身癥狀，如發熱、乏力、淋巴結腫大等。患者需要進行驅梅治療，可在醫生的指導下使用注射用芐星青霉素、普魯卡因青霉素注射液、鹽酸四環素片等藥物。
此外，患者應保持外生殖器清潔衛生，避免不潔性行為。穿著寬松透氣的內褲，減少局部摩擦。在治療期間，應避免性生活，以免傳染給他人或加重病情。同時，要遵醫囑按時用藥，定期復查。