清艾條和藥艾條在成分、功效、用法、顏色質地、禁忌等方面都存在明顯的差異。
1.成分差異：清艾條主要由純艾絨制成，不添加其他藥物成分，保持了艾葉的原始特性。而藥艾條則是在艾絨的基礎上，根據治療病癥的不同，加入其他藥物粉末，使得其成分更為復雜，藥效更為多樣。
2.功效差異：清艾條主要用于經絡通絡、舒筋活血、溫暖身體，具有溫經止血、逐寒祛濕、理氣開郁等功效，適用于虛寒性出血病、久瀉久痢、崩漏、帶下、產后惡露不盡、痛經、月經不調、胃脘痛、痹證等病癥。而藥艾條則因添加了不同的藥物成分，其功效更為豐富多樣，可以針對特定癥狀和問題進行治療，如風濕痛、疲勞恢復等。
3.用法不同：清艾條的使用范圍較廣，可以做溫針灸、回旋灸、雀啄灸，也可以做溫灸器灸等，適用于面部、身體各部位的艾灸。而藥艾條則主要用于實按灸，即將艾條點燃后隔著幾層紗布，緊按到病人的穴位上，其用法相對專一。
4.顏色與質地：清艾條通常呈現出淡黃色，較為柔軟，并具有良好的透氣性。而藥艾條則通常呈現出較深的顏色，質地較硬，這是因為其添加了其他藥物成分的緣故。
5.禁忌與注意事項：清艾條對陰虛、內熱、實熱、皮膚過敏者忌用。而藥艾條由于添加了其他藥物成分，其禁忌可能因藥物的不同而有所差異，因此在使用藥艾條時，更應嚴格遵循醫囑，避免出現不良反應。
此外，從艾條的質量判斷上，無論是清艾條還是藥艾條，好的艾條都應具有外形結實、氣味芳香、火力柔和、艾煙淡白等特點。