胃功能性消化不良通常是由綜合性原因導致，包括細菌和病毒感染、精神因素或器質性疾病等，可能會出現局部癥狀、全身癥狀，一般病程會持續超過1個月，或者過往12個月內累計發生12周。
1、局部癥狀：胃功能性消化不良可能會導致的局部癥狀，包括上腹痛、上腹脹、早飽、噯氣、呃逆、反酸等。主要表現是早飽，進食后不久就有飽腹感，以至于攝入的食物量有明顯減少。上腹痛多數是隱痛或者脹痛，上腹脹、呃逆多數發生在餐后，或者呈持續性地進餐后加重。惡心、嘔吐一般不常見，一般是胃排空延遲，胃內容物無法向下推進，因此也可有便秘、大便不成形等癥狀；
2、全身癥狀：胃功能性消化不良的全身癥狀，包括食欲不振、乏力、發熱、頭痛、消瘦等，多是由于長期胃功能性消化不良、營養缺乏導致。此外，部分胃功能性消化不良的患者，會伴有抑郁、失眠、焦慮等精神方面的癥狀，一般是由于長期反復的消化不良癥狀困擾患者，長期求醫產生的恐懼等原因導致。
如果胃功能性消化不良患者超過45歲，伴有貧血、消瘦、大便習慣改變、惡心、嘔吐、黑便等報警癥狀，或者有直系親屬腫瘤家族史，要警惕腫瘤的可能，應該做客觀的檢查，包括胃鏡、腸鏡、腹部B超、腫瘤標志物、大便潛血、血常規等。