甲硝唑芬布芬多指甲硝唑芬布芬膠囊，人工牛黃甲硝唑多指人工牛黃甲硝唑膠囊，兩種藥物無法明確說明哪個副作用大，應在醫生指導下根據情況使用。
甲硝唑芬布芬膠囊為復方制劑，主要成分為甲硝唑、芬布芬，屬于抗生素類藥物，對脆弱擬桿菌、韋榮球菌等病原體有抑制作用，臨床常用于治療牙齦炎、牙周炎等疾病。人工牛黃甲硝唑膠囊主要成分為甲硝唑、人工牛黃，臨床常用于急性智齒冠周炎、局部牙槽膿腫、牙髓炎、根尖周炎等。兩種藥物的主要成分類似，副作用均為胃腸道反應、可逆性粒細胞減少、過敏反應等，過量時可能導致癲癇發作和周圍神經病變，患者可出現肢端麻木、感覺異常等。
由于甲硝唑芬布芬膠囊中甲硝唑含量較多，甲硝唑引起的副作用較明顯。人工牛黃甲硝唑膠囊單位藥物內的甲硝唑含量較少，故甲硝唑引起的胃腸道紊亂相關副作用不明顯。但人工牛黃甲硝唑膠囊中含有中藥成分，可能出現中藥相關副作用，如腸胃不適、肝腎功能異常等，因此無法比較兩者哪個副作用大。患者應該根據自身的具體情況，在醫生的指導下選擇合適的藥物。