肛管鱗狀上皮乳頭狀增生是一種病理學診斷，為良性病變，可由多種疾病引起。一般考慮是尖銳濕疣、肛管增生性息肉等疾病的表現。
肛門上半部分為移行上皮，下半部分為鱗狀上皮，在鱗狀上皮處出現乳頭狀增生，通常考慮為尖銳濕疣的疣體結構增生所致。尖銳濕疣是由于人乳頭瘤病毒（HPV）感染引起的一種于肛周、生殖器周圍皮膚黏膜的贅生物，可于肛門及生殖器周圍觸及大小不一的實性腫塊，疣體如果發生于肛門下段的鱗狀上皮位置，即可出現乳頭狀增生的變化。尖銳濕疣一般沒有特殊癥狀，少部分患者可出現疼痛、異物感、瘙癢、惡臭及出血等。其治療方式包括在醫生的指導下外用藥物進行治療（外用如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素軟膏等），物理治療（如冷凍治療、激光治療），通常不需要行手術治療，但疣體過大過數量過多時，可以行疣體切除術。
此外，如果肛管部位的鱗狀上皮出現化生，形成柱狀上皮組織時，有可能在局部出現增生性息肉，鏡下表現為乳頭狀增生的病理學表現。該情況發生幾率較低，如若出現時需及時就醫，行直視下或腔鏡下息肉摘除術，明確息肉性質。