通常情況下，九歲孩子早上起來肚子疼可能是胃腸型感冒、功能性消化不良、慢性腸炎等原因導致的，不同原因可采取不同的治療方式。具體情況分析如下：
1.胃腸型感冒：胃腸型感冒主要是由于病毒感染引起的胃腸功能紊亂，一般會出現嘔吐、胃脹、腹痛、腹瀉等癥狀，九歲孩子可能因為晚上睡覺時受涼，患上胃腸型感冒，進而出現早上起來肚子疼的情況。家長可以按照醫囑讓九歲孩子使用對乙酰氨基酚片、藿香正氣軟膠囊、雙歧桿菌三聯活菌膠囊等藥物進行治療。
2.功能性消化不良：功能性消化不良是臨床上常見的一種功能性胃腸病，一般會出現餐后飽脹感、早飽、中上腹痛、胃痛等癥狀，九歲孩子可能會因為睡前食用不干凈的食物，患上功能性消化不良，進而出現早上起來肚子疼的癥狀。家長可以按照醫囑給九歲孩子使用胃痛定膠囊、四方胃片、元胡止痛膠囊等藥物進行治療。
3.慢性腸炎：慢性腸炎是指由病菌感染、飲食、精神壓力過大等因素引起的腸道黏膜的慢性炎癥，主要癥狀為腹痛、腹瀉、嘔吐等，因此九歲孩子早上起來肚子疼可能是慢性腸炎導致的。家長可以按照醫囑讓九歲孩子使用腸炎寧片、固本益腸片、飛揚腸胃炎膠囊等藥物進行治療。