低級別內瘤變不用處理主要原因是危害性較小，在沒有出現其他病變的情況下，部分患者可自行消除，因此僅需進行持續性觀察即可，暫時不進行特殊治療。
低級別內瘤變為局部病灶部位因炎癥等因素刺激，出現非典型增生的情況，僅局限在上皮下1/3層，病灶面積小，對于身體危害性不大。因此不需要進行特殊針對性治療，僅需定期進行彩超復診觀察即可，由于每個患者病情不同，部分患者可自行消失痊愈。但如果低級別內瘤變已經出現高級別病變，以及瘤變面積較大時，則需要及時進行治療，以免發展病變程度增加，嚴重時出現癌前病變、癌變等情況。
必要時可通過保守治療和手術治療，預防惡變，保守治療主要為冷凍治療、激光治療和殺菌治療等。通過對于低級別內瘤變進行刺激，同時去除感染的病菌，給予適當飲食、衛生護理，合理體育運動后，方可自行恢復。而手術治療直接通過外科手術切除病灶部位，術后進行抗感染工作，一段時間后方可完全恢復，一般不會出現復發的情況。