打新冠疫苗后幾天能做腸胃鏡，并沒有明確標準，需要根據打疫苗后是否存在身體不適癥狀及胃鏡檢查方式進行綜合判斷。如果打完新冠疫苗后存在身體不適反應，建議在不適癥狀完全消失后再做，如果沒有身體不適癥狀或想做無痛胃鏡，避免麻藥與疫苗藥物之間發生反應，建議間隔7-14天后再做。
部分患者在接種疫苗后可能會出現發熱、乏力、肌肉酸痛以及局部腫脹等不適，還有可能出現厭食、腹痛、腹瀉等消化道癥狀，此時如需做腸胃鏡應暫緩，建議待反應消失后再做，以避免加重身體負擔或誘發其他不良反應。但如果打新冠疫苗后沒有任何身體不適，原則上是可以進行腸胃鏡檢查的，但考慮疫苗可能出現遲發性過敏反應的情況，也建議在7-14天后再做。
通常情況下打疫苗并不會增加腸胃鏡檢查的風險，也不會因做腸胃鏡影響疫苗的效果。建議患者根據自身情況選擇合適的檢查時間，如在檢查后出現劇烈腹痛等不適癥狀，建議及時就醫并進行相應處理。