陰莖上起水皰潰瘍可能是由過度摩擦、炎癥感染、陰莖濕疹、生殖器皰疹、過敏反應等原因引起的，建議患者及時就醫，根據具體情況需要選擇相應的治療方法。
1、過度摩擦：如果頻繁自慰或性生活過于頻密，摩擦過多也可能導致局部出現水皰潰瘍。面對此種狀況，無需采取特別措施，首要任務是在短時間內避免自慰和性行為，應給予適當的局部護理，并可以使用碘伏或生理鹽水進行徹底的消毒和清潔。
2、炎癥感染：當存在細菌或真菌等病原體感染時，受到感染的刺激可能會使陰莖皮膚上形成小水皰，并可能伴隨著瘙癢和其他不適的癥狀。在醫生的建議和指導下，患者可以選擇服用替硝唑片、奧硝唑片等抗菌藥物進行治療。在日常生活中，應多加注意休息，減少對身體的局部刺激，并多攝取新鮮的蔬菜和水果，例如西紅柿、蘋果和香蕉等。
3、陰莖濕疹：出現陰莖濕疹后陰莖上面可能會產生比較明顯的皮膚水皰、丘皰疹，同時還可能會導致皮膚糜爛、瘙癢，一般需要在醫生指導下使用夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏等藥物治療。
4、生殖器皰疹：當生殖器皰疹病毒感染時，可能會在生殖器區域形成一系列的水皰，這些水皰可能是小團簇的，并可能伴有疼痛感。可以選擇遵醫囑使用阿昔洛韋乳膏或阿昔洛韋片等，并按照治療周期進行用藥。
5、過敏反應：部分藥物、食物或衣物等過敏原可能引起陰莖皮膚過敏，表現為水皰和隨后的潰瘍。此時應停用可疑過敏原，并咨詢醫生進行抗過敏治療。
患者需要注意保持局部清潔和衛生，特別是內褲的消毒，以及避免食用辛辣或其他刺激性食品。