復方黃連膏和芩柏軟膏針對的病癥有所不同，所以不能比較，患者可以在醫生指導下選擇適合自己的藥物治療。
復方黃連膏通常具有清熱解毒、祛濕的效果，一般是用于治療患者肺火大、皮膚濕疹、燒燙傷等癥狀；而芩柏軟膏具有良好抗真菌、消炎殺菌等作用，適用于毛囊炎、濕疹皮炎、蜂窩組織炎等癥狀的治療，兩者在功效上有所不同，所針對的疾病也有所不同，所以不能比較。
復方黃連膏和芩柏軟膏在使用之后一般都可以達到良好的治療效果，但是需要在醫生指導下選擇對癥的藥物治療。