大便采樣不可以提前一天晚上采集，應盡量取新鮮標本。隔夜的大便會在細菌的作用下發生腐敗、細胞溶解等現象，從而影響檢查結果的準確性。當糞便出現膿血，采集標本時需將膿血的部分進行采樣，有助于提高檢查的準確性。若檢查患者是否有寄生蟲感染，則需要在大便的每個部位均采取少量的糞便進行送檢。取得糞便標本以后要及時送檢。
大便采樣化驗主要是用來檢查肛腸有無傳染疾病，如細菌引起的細菌性痢疾、傷寒、副傷寒、霍亂、副霍亂和食物中毒等，阿米巴原蟲感染引發的阿米巴痢疾，相關病毒感染導致的病毒性肝炎、脊髓灰質等。具體取樣方法是被檢查者用醫院提供的勺子，取新鮮的大便一兩克，放于提供的紙盒或塑料盒的容器中，或取黃豆粒大小的干性糞便，溶于提供的含有生理鹽水的小型塑料試管中。
當糞便出現膿血，用棉簽蘸取大便當中帶黏液或膿血的部分來化驗。如果大便很困難，很費力，可以用一點開塞露，促進大便的排出，取大便的中段。或者用肥皂頭適當的刺激肛門，促進排便。如果是大便培養霍亂弧菌，傷寒桿菌，或者是副傷寒桿菌，把肛拭子塞進肛門里轉幾圈，然后放到送檢的試管里。
大便常規檢查需注意檢查前合理飲食，檢查時在醫生指導下進行標本采集，并及時送檢。檢查前切勿暴飲暴食，以免影響腸道的健康，同時保持正常生活、飲食習慣。