結核菌DNA陰性通常是指結核分枝桿菌DNA陰性，是指患者的體液中，檢測結核分枝桿菌DNA沒有超過正常的區間，即＜500copies/mL，但是結核分枝桿菌DNA陰性不一定說明體內沒有結核分枝桿菌。
結核分枝桿菌DNA陰性，僅提示結核分枝桿菌低于正常的檢測值，應結合其他的臨床癥狀進行分析，從而判斷患者是否被結核分枝桿菌感染。
如果體內有微量的結核分枝桿菌感染，患者體內結核分枝桿菌的含量比較低，達不到儀器的檢測下限，或者感染初期結核分枝桿菌的DNA復制沒有達到一定的量，所以檢測不出來，也就是處于結核分枝桿菌感染的窗口期。
如果后期結核分枝桿菌在短時間內進行繁殖，再次檢測結核分枝桿菌DNA，可能呈現陽性結果。若明確感染了結核分枝桿菌，需要及時在醫生指導下進行抗結核治療。
對于結核分枝桿菌DNA陰性的患者，通常還可以結合病史、臨床癥狀和其他檢測指標，如PPD試驗、γ-干擾素釋放試驗、胸部CT等進行分析，以確定患者是否感染了結核分枝桿菌。
