男性性疾病的潛伏期通常在2天至3個月之間，這與性病的種類、患者的免疫能力等多種因素緊密相關，不能簡單地進行判斷。
目前，男性經常遭受的性傳播疾病包括淋病、非淋菌性尿道炎、生殖器皰疹、梅毒、尖銳濕疣和艾滋病等。這些疾病在感染后通常不會立即爆發，而是存在一定程度的潛伏期，而這種潛伏期因疾病類型的不同而有所不同。當淋病雙球菌通過不潔的生活方式感染導致淋病時，通常的潛伏期是2-10天，平均潛伏期是3-5天。當感染支原體或衣原體導致非淋球菌性尿道炎時，通常的潛伏期是1-3周。在感染了單純皰疹病毒之后，生殖器皰疹的癥狀出現的潛伏期通常在2-14天之間，平均大約是6天。一旦感染了梅毒螺旋體，通常在出現梅毒癥狀之前的潛伏期是2-4周。當感染了人乳頭瘤病毒后，尖銳濕疣的潛伏期通常在2周至10個月之間，平均為3個月。一旦感染了艾滋病病毒，通常會經歷一個1-6周的潛伏期，并出現與艾滋病有關的各種癥狀。
潛伏期的持續時間與男性的抵抗能力密切相關，抵抗能力越弱，潛伏期就越短。免疫力越高，潛伏期越短。當抵抗能力增強時，其潛伏的時間也會相應地延長。