通常情況下，9個月寶寶發燒39℃一般不建議灌腸。
灌腸給藥可以使藥物通過直腸黏膜直接吸收進入血液循環，從而可能相對快速地發揮藥效，對體溫進行控制。9個月寶寶的腸道黏膜比較嬌嫩，灌腸操作如果不規范，藥物的劑量、濃度把握不準確，容易造成腸道黏膜的損傷，可能導致出血、穿孔等嚴重后果。而且，反復灌腸還可能引起腸道菌群失調，影響腸道正常的消化和吸收功能。
目前兒童發熱的治療指南中，口服退燒藥是首選的退熱方法。灌腸并不是常規的退熱治療手段，且在很多正規醫療機構并不推薦。建議在醫生的指導下根據寶寶的具體情況選擇合適、安全的退熱方法。