甲硝唑凝膠用完后，如果是用于治療面部皮膚疾病，則可以不用清洗。如果用于陰道等黏膜部位且有不適表現，則應立即清洗。
如果是將甲硝唑凝膠用于治療痤瘡、酒渣鼻等面部皮膚疾病，在正常的使用劑量下，通常不需要清洗。因為甲硝唑凝膠在皮膚表面會逐漸被吸收，發揮其抗菌等治療作用。讓藥物留在皮膚表面可以保持藥物的有效濃度，持續對病變部位發揮作用，提高治療效果。
比如在治療尋常痤瘡時，將適量的甲硝唑凝膠涂抹在痘痘上，藥物會慢慢滲透進皮膚，在不清洗的情況下能更好地針對毛囊內的厭氧菌起到殺滅作用。
如果是將甲硝唑凝膠用于陰道等黏膜部位，且使用后出現了明顯的不適，如瘙癢加重、燒灼感等，或者是藥物的殘留導致局部感覺不適、分泌物增多等情況，就需要進行清洗。另外，如果是不小心涂抹過多的甲硝唑凝膠，導致皮膚表面有大量的藥物堆積，難以被皮膚完全吸收，這種情況下也可以適當清洗。
在使用甲硝唑凝膠時，要嚴格按照醫囑或者藥品說明書上的用法用量使用。如果是用于面部等皮膚部位，要避免接觸眼睛和其他黏膜。使用過程中如果出現過敏等不良反應，應立即停止使用，并及時就醫，同時注意保持使用部位的清潔和干燥。