適量的使用枯草芽孢桿菌，一般不會對人體造成危害，如果患者對該菌過敏，或長時間、大劑量的使用，可能會對人體造成一定危害。
1、不會對人體造成危害：枯草芽孢桿菌主要生存在人體的腸道內，可提高人體的免疫功能，而且也會對人體其他致病菌有抑制作用。枯草芽孢桿菌菌體生長過程中產生的活性物質，對致病菌或內源性感染的條件致病菌有明顯的抑制作用。菌體自身合成α-淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纖維素酶等酶類，在消化道中與動物體內的消化酶類一同發揮作用，有效促進機體的消化功能，可減輕患者消化不良、腹脹等相關癥狀；
2、會對人體造成危害：若患者對枯草芽孢桿菌或者其產生的活性物質過敏時，可對機體產生危害，若枯草芽孢桿菌在腸道中過多，也可抑制部分有益菌群，導致腸道菌群失調，造成患者可能會出現腹瀉、腹脹等消化道過敏癥狀，嚴重時，可能發生過敏性休克。建議停止使用該類生物制劑，并在醫生的指導下進行治療。
建議患者在醫生指導下服用藥物，不可盲目用藥。注意枯草芽孢桿菌是活菌，不能用太熱的水送服。