免疫制劑通常是指免疫抑制劑，是一種對機體免疫反應具有抑制作用的藥物。激素是指通過調節各種組織細胞的代謝活動，從而影響人體生理活動的藥物。上述兩種藥物相比何種副作用更小，取決于應用的藥物劑量以及應用的時間，但同等情況下兩種藥物相比較，免疫制劑的副作用比激素要小。
一、激素副作用：1、脂肪異常堆積：激素會使人體的蛋白質、脂肪重新分布，從而導致患者出現脂肪異常堆積的現象，造成滿月臉、水牛背等癥狀，四肢會變得很細，因此又稱為向心性肥胖；
2、抵抗力下降：部分激素屬于免疫抑制劑的一種，長時間或大量使用，如使用時間超過3-6個月，就會導致患者的免疫功能低下，免疫細胞對外界的免疫應答就會變弱；
3、骨質變差：激素的使用會導致機體對鈣的吸收變緩，而骨質丟失會相對較快，因此患者容易出現骨質疏松、骨量大量丟失等癥狀。長期骨質疏松會導致骨痛甚至病理性骨折，患者即使沒有外傷，僅僅是在正常坐立、行走的過程當中，就可能發生壓縮性骨折等；
4、其它癥狀：患者容易出現血糖、血壓升高的現象，嚴重者會出現糖尿病或高血壓，部分患者還可能出現結核、卡氏肺孢子蟲感染，以及真菌感染等特殊感染等。
二、免疫制劑副作用：1、抵抗力下降：免疫制劑的使用會導致患者的免疫功能低下，免疫細胞對外界的免疫應答就會變弱，患者容易出現水電解質紊亂，以及血糖、血壓升高的現象等癥狀，同樣也容易被外界病原微生物感染；
2、損傷臟器：免疫制劑用量過大或時間過長，可損害肝、腎功能，且對消化道黏膜有刺激作用，可導致患者出現消化系統癥狀，如惡心、嘔吐、腹瀉等，嚴重者可出現胃腸穿孔。
免疫制劑和激素都有一定的副作用，但免疫抑制劑的部分副作用可以避免，如環磷酰胺、甲氨蝶呤、環孢素、他克莫司、霉酚酸酯等免疫抑制劑，其副作用相對可以掌控，患者在應用時可以定期化驗，掌握其對肝、腎、消化系統的損害，因此免疫制劑的副作用相對激素要小。