自主神經系統一般是受大腦皮層控制的。
大腦皮層是調節軀體運動或者控制軀體運動的最高級中樞，由初級感覺區、初級運動區和聯合區三部分構成。自主神經系統是控制呼吸、心跳和消化過程等非自主活動的神經系統，包括相互拮抗的交感神經系統和副交感神經系統兩部分，可以支配和調節機體各器官、血管、平滑肌和腺體的活動和分泌，并參與內分泌調節葡萄糖、脂肪、水和電解質代謝，以及體溫、睡眠和血壓等。自主神經系統的功能發揮都受制于大腦，主要受大腦皮層的支配和調節。
另外，自主神經系統有較多的獨立性，因為每一臟器會同時接受交感和副交感兩套神經系統的控制，而兩者的作用是相反的，如果一個使器官的活動增強，另一個就會使器官的活動減弱，一般不受人的意志所控制。
如果自主神經系統受損，主要考慮與心理社會因素有關，此時可以在醫生指導下使用谷維素片、甲鈷胺片等藥物進行治療，可以起到營養神經的作用。在恢復期間也要多注意休息，保證充足的睡眠，有助于自主神經系統功能的恢復。