小通草和大通草的區別是形態特征不同、藥用部位不同、藥用功效不同。具體分析如下：
1、形態特征不同：小通草是矮小的草本植物，高度一般不超過20厘米，葉子較小，花較小。大通草是高大的草本植物，高度可以達到1米以上，葉子較大，花較大。
2、藥用部位不同：小通草的藥用部位一般是全草；大通草的藥用部位一般是根莖。
3、藥用功效不同：小通草主要具有清熱解毒、利尿通淋、消腫止痛等功效，常用于治療肝膽疾病、泌尿系統感染、癰腫瘡瘍等。大通草主要具有清熱解毒、祛風除濕、活血化瘀等功效，常用于治療瘡瘍腫毒、風濕病等。
小通草和大通草有其特定的適應癥和用法、用量，需要遵醫囑使用，不要自行亂用。