電子直腸鏡檢查的痛苦感較小，不會有特別劇烈的疼痛感。如果在檢查過程中心情過度緊張、焦慮、害怕，也可能會導致檢查過程不順利，疼痛的程度可能會稍微明顯。
電子直腸鏡檢查分為常規和無痛兩種，常規電子直腸鏡檢查，痛感較為明顯。擔心疼痛的人群可以做無痛電子直腸鏡檢查。無痛電子直腸鏡檢查是在做好腸道準備以后給予全身麻醉，等患者進入睡眠之后，利用一條長約20cm，末端裝有一個光源帶微型電子攝影機的直管，由肛門插入腸道，將管道向內推進，在推進的過程中，鏡頭所拍攝的畫面會同步傳達到顯示屏上，醫生可以通過顯示屏觀察腸道是否正常。其特點是操作簡單、檢查快捷、安全、準確、痛感小等。
電子直腸鏡檢查在臨床上也較為常用，可以檢查肛管周圍的一些疾病，比如痔瘡、肛裂、肛瘺以及直腸下段的疾病，比如直腸的腫瘤、息肉等。由于電子直腸鏡短，經過的彎曲少，痛苦的感覺也會明顯減少。如果與醫生配合得當，部分人群可能無不適感，不必過于擔心。做完電子直腸鏡檢查后，要注意飲食清淡，最好吃些容易消化的流質、半流質、少渣的食物，不要吃辛辣、刺激的食物。若出現不適癥狀，建議及時就醫，在醫生指導下進行對癥治療。