男性包莖皮上長小痘痘，要根據具體的病因進行針對性處理，常見病因包括包皮龜頭炎、生殖器皰疹、尖銳濕疣、過敏性疾病，以及陰莖癌也可能出現包莖皮上長小痘痘。建議及時到醫院明確病因，然后進行針對性治療，切勿自行購買藥物后使用，以免出現藥物不良反應。
1、包皮龜頭炎：多發生于包莖或包皮過長的患者，處理方法是每天堅持清洗生殖器部位，如果伴有紅腫、疼痛、瘙癢或分泌物增多等癥狀，類似于小痘痘，需要使用藥物進行治療。如果是細菌感染，一般是膿性分泌物居多，可以使用紅霉素軟膏、莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏等藥物進行治療。如果是真菌感染，通常是豆腐渣樣白色分泌物，可以使用硝酸咪康唑乳膏、克霉唑乳膏進行治療。如果是包莖皮出現毛囊炎、癤腫、粉瘤，一般是毛囊皮脂腺分泌物聚積難以排出，堵塞合并細菌感染導致，不要用手擠，可以外涂抗生素乳膏，比如夫西地酸乳膏、紅霉素軟膏、莫匹羅星軟膏；
2、生殖器皰疹：在病情開始時，表現為龜頭或包皮表面有疼痛、紅腫、瘙癢的丘疹，類似于小痘痘，通常在8個小時左右會迅速變成水皰，是由單純皰疹病毒引起的性傳播疾病，可以使用阿昔洛韋、更昔洛韋等藥物進行抗病毒治療，也可以用阿糖胞苷、干擾素等藥物進行治療；
3、尖銳濕疣：在尖銳濕疣初期，病變呈小顆粒樣，與小痘痘相似，表現為包莖皮上長小痘痘。尖銳濕疣是人乳頭瘤狀病毒感染導致，可以使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊進行抗病毒治療，也可以采用物理的方法，比如激光、冷凍等。如果小痘痘比較多，或者是連成片、體積較大，可以采用手術的方法去除疣體；
4、過敏性疾病：男性包莖皮上長小痘痘可能見于過敏性疾病，比如對所穿的內衣褲過敏，或者對食物、藥物過敏，而出現粟粒樣、結節樣皮疹。一般需要抗過敏治療，可以口服氯雷他定，局部可以使用含激素的乳膏，同時應該注意盡快脫離致敏原，防止過敏加重；
5、陰莖癌：部分包皮上長小痘痘也可能是早期陰莖癌，因為在腫瘤早期和其他皮膚病變相似，但是一般腫瘤早期沒有疼痛、瘙癢等表現，由于是惡性腫瘤，所以小痘痘或皮損會迅速擴大、增多。如果確診為腫瘤，則需要盡快進行手術治療，如果治療較晚而貽誤時機，則容易出現腫瘤擴散或轉移。
在治療期間，應注意不能喝酒，盡量少攝入辛辣、刺激的食物，比如辣椒、蔥等，要注意休息，不要過度勞累。到醫院通過詳細檢查確定病因后，建議嚴格遵醫囑進行治療，以促進癥狀盡快消失，盡快恢復正常生活和工作。