復方莪術油栓與保婦康栓的主要區別在于兩種藥物的成分不同。但兩種藥物都是用來治療婦科疾病的常用藥，有明顯的抗菌、消炎、增強機體免疫能力的作用，可以用于治療霉菌性陰道炎、宮頸糜爛等疾病，兩種藥物都為放置于陰道深部使用的栓劑。
1、復方莪術油栓：復方莪術油栓屬于西藥，為復方制劑，其主要活性成分為莪術油和硝酸益康唑；
2、保婦康栓：保婦康栓屬于中成藥制劑，它的主要活性成分是復方莪術油和冰片。
患者在應用復方莪術油栓與保婦康栓時，需要注意應該在醫生的指導下使用，而且這兩種藥物可能導致陰道分泌物增多，所以在使用期間需要用溫開水清洗外陰，且勤換內褲。育齡期女性應盡量避免同房，以免造成交叉感染。平時在生活中不要過分沖洗陰道內部，以免引起陰道內環境紊亂從而導致婦科疾病。