一般情況下，艾滋病咽痛晚期吃藥不能好，只能夠控制病情發展。
在臨床上，艾滋病發展到晚期，體內病毒有可能會蔓延到其他器官，并且還有可能會引發多種并發癥，通過吃藥的方式并不能夠使病情達到臨床治愈的效果，但是一般可以控制病情發展，防止病情持續加重，所以即使不能治愈，也要積極配合醫生治療。
在治療時，需要遵醫囑服用拉米夫定片、富馬酸替諾福韋二吡呋酯片、依非韋倫片等藥物治療，這幾種藥物通常可以起到抗病毒的作用，有助于減輕病情，如果咽痛的情況比較嚴重，也可以遵醫囑服用布洛芬緩釋片、雙氯芬酸鈉緩釋片、塞來昔布膠囊等藥物治療。
疾病治療期間要以臥床休息為主，并且要保持積極向上的心態，有助于身體恢復，還要定期到醫院做復查，可以觀察病情恢復的情況。