因存在個體差異，發生利福平耐藥后，應根據患者自身情況更換結核治療方案。如果患者對利福平有耐藥性，則抗結核藥物的療效會降低，有可能會出現反復發作的危險。
患者使用利福平治療后若癥狀不緩解，且發生持續發熱、盜汗、乏力、消瘦等癥狀，痰培養持續陽性，需要考慮利福平耐藥，需要改變治療方案。此時需要進行結核菌培養加藥敏試驗，根據藥敏結果選用合適藥物進行治療，其中常用抗結核藥物有異煙肼片、吡嗪酰胺片、鹽酸乙胺丁醇、硫酸卡那霉素等，治療期間需要1-2個月復查一次痰涂片和痰培養等，以了解治療效果。
肺結核患者在遵醫囑進行規范治療的同時，還應注意日常生活方式的改善，平時做好個人防護，盡量避免到人群密集的場所，出門應戴口罩。此外，飲食應以清淡、高營養食物為主，適當補充雞蛋、牛奶、瘦肉等富含蛋白質的食物。