孔圣枕中丹的副作用尚不明確，一般有過敏者禁用、孕婦禁用、禁長期服用等禁忌。
一、副作用
孔圣枕中丹是出自《千金要方》的藥物，通常由遠志、菖蒲、敗龜板、龍骨配伍制成，有助于補益心腎，但其副作用尚未明確，用藥者應嚴格按照醫生指導來控制藥物用量，以免影響身體健康。
二、禁忌
1、過敏者禁用：如果用藥者對孔圣枕中丹的相關成分過敏，通常不可服用該藥物，以免刺激免疫系統，防止出現口唇水腫、惡心、嘔吐、腹瀉等過敏反應。
2、孕婦禁用：如果用藥者為孕婦，通常不可以服用孔圣枕中丹，以免藥物成分對胎兒發育產生影響，避免造成胎兒畸形。
3、禁長期服用：該藥物通常不可以長期服用，以免加重機體負擔，避免損傷肝腎。如果在用藥7天后，身體狀況未見好轉，建議用藥者盡快到正規醫院就診，以便于及時調整用藥方案。
除上述禁忌外，通常還有不可盲目加減藥物、用藥期間不可飲酒、服藥時忌抽煙、用藥時忌食辛辣食物等禁忌。