體溫39度是指體溫39攝氏度，6歲男患兒發熱2天、體溫39攝氏度、咽痛、咽部有膿性分泌物可能是咽炎、小兒肺炎、感冒等原因引起的，建議及時送往醫院就診，可以通過日常護理、使用藥物等方式進行治療，具體內容如下：
1.咽炎：如果6歲男患兒有咽炎的情況，且沒有及時進行治療，可能會使咽喉部位的炎癥加重，從而出現發熱2天、體溫39攝氏度、咽痛、咽部有膿性分泌物的情況。建議家長平時適當讓6歲男患兒喝溫水，可以緩解咽喉部位的炎癥，還可以在醫生的指導下給其使用藥物進行治療，如阿莫西林顆粒、阿奇霉素顆粒、頭孢克肟顆粒等。
2.小兒肺炎：如果6歲男患兒平時沒有注意個人衛生，可能會使肺部受到細菌的感染，引發小兒肺炎，且沒有及時控制住病情，也容易導致肺部的炎癥越來越嚴重，出現發熱、咳嗽、咳痰的情況，可能表現為發熱2天、體溫39攝氏度、咽痛、咽部有膿性分泌物的情況。家長可以在醫生的指導下給其使用藥物進行治療，如鹽酸克林霉素片、頭孢地尼片、羅紅霉素分散片等平時應適當呼吸新鮮空氣。
3.感冒：如果6歲男患兒平時沒有做好保暖工作，受到寒冷侵襲，可能引發感冒，感冒加重時會出現發熱、咳嗽的情況。如果6歲男患兒長時間咳嗽，會對咽喉部位造成過度刺激，從而會出現發熱2天、體溫39攝氏度、咽痛、咽部有膿性分泌物的情況。家長可以在醫生的指導下給6歲男患兒使用藥物進行治療，如布洛芬干混懸劑、對乙酰氨基酚片、蒲地藍消炎口服液等。