黃連入藥部位為根莖，一般是秋季采挖，除去須根及泥沙，干燥，撞去殘留須根后入藥。根據炮制方式可分為黃連片、酒黃連、姜黃連和萸黃連4種。
黃連味苦，性寒，入心、脾、胃、肝、膽、大腸經。具有清熱燥濕，瀉火解毒的作用。用于濕熱痞滿，嘔吐吞酸，瀉痢，黃疽，高熱神昏，心火亢盛，心煩不寐，心悸不寧，血熱，目赤，牙痛，消渴，癰腫療瘡，濕疹，濕瘡，耳道流膿等癥。
本藥可在專業醫生指導下，與其他藥物配伍，以緩解身體不適。如黃連與生姜配伍，可苦降辛開，以除痞滿，止吐瀉，治泄痢；黃連與桂枝配伍，可除痞消滿，用于寒熱錯雜之痞滿腹痛。
注意藥物應在專業醫生指導下應用，不可擅用，劑量、頻次也不可隨意更改，以免危害身體健康。對于脾胃虛寒者，忌用本藥；陰虛津傷者，慎用本藥。
在用藥過程中，應改善個人飲食，建議攝入清淡、容易消化的食物，避免辛辣、刺激。同時充分休息，對健康有益。