凌晨兩三點心臟加速跳動醒來可能是壓力過大、環境因素、心律失常、冠狀動脈粥樣硬化性心臟病、高血壓等原因導致的，可通過調整心態、緩解壓力、重新入睡、使用藥物等方式進行處理，建議盡快前往醫院就診，遵醫囑對癥處理。
1.壓力過大：若生活、工作等方面的壓力過大，在入睡后，神經還處于興奮狀態，可能導致凌晨醒來，心臟跳動得比較快。建議及時調整心態，可通過聽舒緩的音樂、看電影、閱讀等方式緩解壓力，從而改善情況。
2.環境因素：如果在睡覺過程中，外界有強光、噪聲等刺激，可能影響正常的睡眠，導致凌晨醒來，伴有心動過速的情況。此時一般不用特殊處理，環境安靜下來以后重新入睡，可改善情況。
3.心律失常：遺傳因素、藥物因素等可能導致心律失常，出現心悸、胸悶、胸痛、心律不齊等癥狀，患者可能在夜間頻繁醒來，心臟也有不適癥狀。建議在醫生的指導下使用硫酸奎尼丁片、鹽酸普魯卡因胺片、鹽酸維拉帕米片等藥物，有抗心律失常的作用。
4.冠狀動脈粥樣硬化性心臟病：血脂異常、吸煙、肥胖等因素，可能導致該疾病。如果晚上睡覺時姿勢不正確，心臟的負擔較重，可能在凌晨醒來，且心臟加速跳動，還可能伴有胸悶、心慌等癥狀。患者可遵醫囑使用阿司匹林片、硫酸氫氯吡格雷片、替格瑞洛片等藥物，有抗血小板聚集的作用。
5.高血壓：高血壓可能與肥胖、精神因素、酗酒等因素有關，凌晨兩三點睡覺時，如果血壓持續升高，可能導致心臟在加速跳動的狀態下醒來，還可能出現頭暈、頭痛等癥狀。患者可在醫生的指導下使用硝苯地平片、甲基多巴片、卡托普利緩釋片等藥物，能起到控制血壓的作用。
建議做好調理工作，睡前保持平和的心態，可以用熱水適當泡腳，能幫助改善睡眠質量，但要注意溫度不可過高。