藥流即便流干凈了，對身體也是有一定傷害的，只是傷害程度相對會小一些。
藥流就是通過服用藥物的方式來終止早期妊娠，常用藥物如米非司酮和米索前列醇等。藥物作用于子宮，促使子宮收縮，讓胚胎組織排出體外。即便藥流過程很順利，胚胎組織完全排出，流干凈了，但在這個過程中，子宮會經歷收縮，這本身對子宮就是一種刺激，可能會損傷子宮內膜，影響其正常的修復功能，導致之后月經量減少等情況出現。而且藥流后，女性身體的激素水平會發生較大波動，一時難以恢復到孕前狀態，容易引起內分泌失調，出現月經周期紊亂等問題。另外，藥流后身體抵抗力也會下降，若不注意調養，還可能引發感染，影響生殖系統健康。
藥流流干凈后，要注意休息，避免勞累，最好能臥床休息幾天，讓身體有足夠的時間恢復元氣。同時，要注意個人衛生，保持外陰清潔，勤換內褲及衛生巾，防止細菌滋生引發感染。而且，飲食上要多補充營養，多吃富含蛋白質、維生素的食物。要是出現腹痛加劇、發熱、陰道流血量增多等異常情況，一定要及時就醫，嚴格遵醫囑進行相應的檢查和治療，切不可自行隨意用藥。