非典型鱗狀細胞主要是由于子宮頸發炎而導致的細胞變異，可能與子宮內節育器、癌前病變的因素有關，如果想消除非典型鱗狀細胞，就要治療子宮頸炎、取出子宮內節育器、治療癌前病變。
1、治療子宮頸炎：子宮頸局部炎癥是導致非典型鱗狀細胞的主要原因，由于病原體感染，導致子宮頸上皮鱗狀細胞發生改變，此時可以遵醫囑使用甲硝唑陰道泡騰片、抗宮炎片、阿莫西林膠囊等藥物進行治療，炎癥消除之后，非典型鱗狀細胞往往也會隨之消失；
2、取出子宮內節育器：當子宮內上有宮內節育器時，由于子宮內節育器在子宮腔內屬于異物，可能會引起無菌性炎癥，使宮頸上皮出現非典型鱗狀細胞，此時建議在月經干凈后3-7天取出子宮內節育器，能夠使非典型鱗狀細胞逐漸消失；
3、治療癌前病變：如果既沒有子宮頸炎癥，也沒有子宮內節育器，出現非典型鱗狀細胞還可能是發生子宮頸上皮低級別癌前病變所導致，此時建議遵醫囑進行二氧化碳激光治療，使病變組織脫落壞死，然后長出正常組織，非典型鱗狀細胞即可逐漸被消除。