剔牙造成了牙根疼痛，通常是因為牙簽尖部比較銳利、堅硬，經常用牙簽剔牙，較容易造成牙根部的硬組織出現缺損，人為造成牙根處牙本質暴露，在剔牙時牙根受到機械性刺激，可傳遞到牙髓腔內，從而引起疼痛。另外，由于牙根處牙本質暴露，外界的涼、熱等刺激，也可能會引起牙齒酸痛。
因此，塞牙后需要盡量避免用牙簽剔牙，通常可以借用牙線、牙間隙刷，或者沖牙器等工具，去除牙縫間的食物殘渣。牙線和牙間隙刷均比較柔軟，剔牙時一般不會造成牙體硬組織缺損，也不會對牙齒造成損傷。而且沖牙器主要通過一定的壓力，形成一股細水柱，水流沖擊牙縫從而將塞進去的食物沖走，也不會造成牙體組織的缺損，更不會造成牙根的疼痛。如果牙根出現了明顯的缺損，則需要對缺損部位進行樹脂充填修復，恢復牙齒的完整性，通常才能逐漸緩解疼痛。