卡介菌在臨床上多指卡介菌多糖核酸注射液，一般遵醫囑長期打卡介菌多糖核酸注射液沒有壞處，通常用于提高身體抵抗力時才需長期注射，但在注射時可能會出現局部反應、發熱、過敏反應等，因此建議切勿盲目用藥，以免導致不良后果。
1、局部反應：在注射過程中，由于藥物刺激局部組織可能造成紅、腫、熱、痛，多在1周左右自行消退，也可進行熱敷促進不適癥狀好轉。
2、發熱：部分患者用藥后偶見低熱，為正常不良反應，此時不用特殊處理，多喝水促進身體代謝即可。
3、過敏反應：對于過敏性體質的患者，在用藥后可能會出現皮疹、瘙癢，對于嚴重過敏者甚至可能會出現過敏性休克，此時則需要積極就醫處理，進行抗過敏治療。
除上述不良反應外，部分人長期注射卡介菌多糖核酸注射液可能會導致身體免疫失調，伴有面色蠟黃、脫發、口腔潰瘍、關節疼痛、肌肉無力等不適，因此建議在醫生指導下使用該藥物。