吃了黃連素還拉稀，可能是飲食不當或者治療方法不當所致，需及時調整飲食或者遵醫囑更換其他藥物治療。此外，還可能是由于其他疾病引起的拉肚子，此時黃連素無法治療原發病，如假膜性腸炎、炎癥性腸病、腸結核等慢性腸道疾病。應及時就診完善胃腸鏡等檢查，明確后遵醫囑積極治療。
1、飲食或者治療方法不當：對于急性腹瀉者需及時調整飲食，建議少吃多餐進食易消化、富含微量元素的食物，忌油膩、辛辣等刺激性食物。除黃連素還需加強口服補液鹽或者靜脈輸液治療，選擇合理的抗生素抗感染治療，加強對癥支持治療。針對拉肚子等癥狀可遵醫囑選擇蒙脫石散、鹽酸洛哌丁胺膠囊或者復方地芬諾酯片等藥物進行止瀉治療；
2、假膜性腸炎：常見于長期服用抗生素治療后引起，由難辨梭狀芽孢桿菌引起，如果吃黃連素或者其他抗生素藥物還拉稀甚至有發熱、脫水、電解質紊亂等表現，此時需高度懷疑假膜性腸炎。應完善糞便病原檢測和腸鏡下病理活檢，遵醫囑應用注射用鹽酸萬古霉素和甲硝唑片治療，病情頑固者可進行糞便微生物移植治療；
3、腸結核：長期拉肚子用藥欠佳，吃黃連素還拉稀也可見于由腸道結核桿菌感染所出現的腸結核，常有午后低熱、腹瀉、消瘦、貧血、右下腹隱痛等表現，癥狀可反復發作且遷延不愈。應完善血沉、PPD試驗及X線、腸鏡檢查，遵醫囑進行正規抗結核治療，如使用異煙肼片、利福平膠囊、注射用硫酸鏈霉素等；
4、炎癥性腸病：包括克羅恩病和潰瘍性結腸炎，以腹痛、腹瀉開始且癥狀逐漸加重，黃連素對于炎癥性腸病沒有治療作用，仍然可以拉稀腹瀉，潰瘍性結腸炎甚至可有里急后重、膿血便等表現。此時應盡快完善腸鏡檢查及腸道CT顯像等檢查，遵醫囑予使用美沙拉秦腸溶片、硫唑嘌呤片等藥物治療，癥狀嚴重時可在醫生指導下使用注射用英夫利西單抗等生物制劑治療。