膝蓋下蹲起身會疼能不能自愈，需要根據具體病因來判斷。如果是關節軟骨磨損引起的，是能自愈的；如果是髕骨軟化癥、髕股關節軟骨損傷等原因引起的，是不能自愈的，可通過使用相應的藥物和手術來改善相關情況。
如果患者在短時間內大量活動膝關節，就容易引起關節軟骨磨損，出現膝蓋疼痛、活動受限等癥狀，這種情況一般是能自愈的，患者需要避免不良動作或姿勢，讓膝關節有一定的休息時間，癥狀就會逐漸緩解。
如果是髕骨軟化癥、髕股關節軟骨損傷等原因引起的膝蓋疼痛，一般是不能自愈的，需要積極進行對癥治療。如果出現上述癥狀，建議患者及時前往醫院做體格檢查、CT、核磁共振成像、X線片等方式，在明確病因后對癥治療。對于髕骨軟化癥的患者，建議遵醫囑服用鹽酸氨基葡萄糖膠囊、布洛芬緩釋膠囊等藥物進行治療，能有效改善癥狀。對于髕股關節軟骨損傷的患者，建議遵醫囑服用雙氯芬酸鈉緩釋片、硫酸氨基葡萄糖膠囊等藥物進行治療，有助于病情恢復，必要時需要接受截骨術、人工關節置換術等方式進行治療。治療期間患者要注意保持清淡飲食，盡量少活動膝蓋，避免做深蹲的動作，有利于身體恢復。