尿常規留取正確的方法是留取晨尿，最好是晨尿的中段尿，即早晨第一次排尿時留取，且開始排尿時前段尿不要、后段尿不要，留取中間的部分，因為這部分受到的污染較少，也最能代表膀胱內的情況。
由于早晨醒來后的第一次尿在膀胱內留置時間較長，尿液濃度較高，沒有受到起床后飲水、飲食等因素影響，所以能夠更加準確地反映尿路變化情況，且應該選擇晨尿的中段尿，因為前段尿液沖刷尿道容易攜帶尿道細菌，后段尿由于沖刷力度逐漸變小，也容易攜帶尿道細菌。女性留尿前需要清洗外陰部，在月經期最好不要留尿液標本，防止經血混入尿液中而影響化驗結果，男性留尿前最好清洗尿道外口，有條件者可用消毒劑清洗。
尿常規留取標本后，最好在2h內送到醫院檢驗科，因為超過2h后，空氣中的細菌可能會污染尿液，如分解硝酸鹽的細菌可以把硝酸鹽分解為亞硝酸鹽，容易導致檢驗結果異常。此外，由于空氣中和尿道外口平時可能會存在非致病菌，而非致病菌與致病菌互相抑制、保持平衡，如果尿培養或尿常規化驗中提示有可疑污染細菌，并不代表感染致病菌。