核磁共振檢查不存在輻射，對人體沒有輻射危害。核磁共振檢查是借助電磁波本身的采集圖像功能來完成，產生的是磁性信號，主要是對金屬物質產生反應，所以不存在輻射，也不會影響身體健康及正常生活。通常考慮到患者對核的恐懼心理， 所以稱為磁共振，從而緩解患者的恐懼感。但對于懷孕前三個月的女性，通常不建議做核磁共振檢查，雖然還沒有研究顯示，該檢查會對孕婦和胎兒造成不良影響，但前三個月的胎兒處于不穩定的時期，容易受到各種外界的物理因素影響而受到損傷。
盡管核磁共振檢查沒有輻射，可能也會給部分患者帶來不適感。檢查要在磁場中完成，需要通過施加梯度場來進行空間定位，會誘導人體神經及肌肉變得興奮，從而產生刺痛感，甚至出現引起心臟興奮或心室振顫等現象。檢查過程中也會產生不同程度的噪聲，可能導致患者的聽力受到影響，如短時間失聰或永久性聽力損害。對老年人或患有精神疾病的患者來說，噪聲會影響心情，從而引起煩躁和焦慮。注意在檢查時，應摘掉身上的金屬物品，并向醫生說明是否有固定假牙、節育器、體內鈦合金物體等，便于醫生結合具體情況，判斷患者是否能夠進行核磁共振檢查。