膽管細胞癌屬于惡性程度比較高的腫瘤，而且手術治療的創傷較大，手術難度大、術后并發癥多，愈后效果相對較差，并且晚期膽管細胞癌可能已經失去手術治療的機會，因此治療原則是盡可能減輕患者痛苦，盡量延長患者的生命。
1、經皮經肝膽管引流術：膽管細胞癌晚期患者一般會伴有全身黃染，嚴重時會導致發熱、皮膚瘙癢等癥狀，主要是因為腫瘤堵塞肝膽管，造成膽汁淤積引起，通過經皮經肝膽管引流術可以解除梗阻，減少血液中的膽紅素，減輕患者癥狀，延長患者的生命；
2、對癥治療：膽管細胞癌晚期的患者，隨著腫瘤對患者的消耗，可能會出現貧血、低蛋白血癥等表現。如果經濟條件允許，可以通過適當輸血、補充人血白蛋白等方式，適當糾正患者的營養狀態。如果患者出現腹腔、胸腔積液，可適當穿刺抽液，減輕患者的癥狀，疼痛時適當應用鎮痛藥物減輕患者疼痛，比如嗎啡、杜冷丁、地佐辛等；
3、化療、放療：對于腫瘤晚期患者一般較難耐受，應結合實際情況決定是否予以化療、放療等輔助治療。
此外，建議膽管細胞癌晚期的患者，無論是從治療方面，還是護理方面，均要做好臨終關懷，最大程度地減輕患者的痛苦。