發燒好了才流鼻涕，多是由于感染導致的炎癥反應持續存在、炎性分泌物持續增多，而引發鼻腔黏膜纖毛運動活躍，鼻腔黏膜不斷修復所致。人體鼻內膜通常通過產生黏液來保護鼻子，若這層內膜受到病毒感染、灰塵刺激時，均可誘發炎癥與腫脹，此時鼻腔就會發生堵塞與分泌大量黏液，即鼻涕。
當人體受到病原體入侵引發炎癥反應時，會導致機體的免疫系統活躍，從而出現發燒的癥狀。雖然經降溫處理后，體溫逐漸下降恢復正常，但是鼻腔黏膜的炎癥反應仍然存在，表現為黏膜充血、水腫和大量的炎性分泌物滲出。此時鼻腔黏膜恢復正常的狀態，還需要有一段自我修復的時間，期間含有大量的病原體組織碎片會不斷以鼻涕的形式脫落、流出，因此會出現發燒好了才流鼻涕的現象，一般來說這是疾病趨于康復的跡象，需要注意隨時復診，防止病情反復。
此時，患者可使用干凈手絹或一次性衛生紙清理鼻涕，癥狀嚴重影響日常工作時，可遵醫囑使用鼻腔血管收縮劑，以緩解鼻腔充血、減少鼻黏液。除此之外蒸汽吸入法也是不錯清理鼻腔的方法，可在醫生指導下將藥劑溶解于熱水，通過鼻腔緩緩吸入，然后再將鼻涕擤出。