生物鐘顛倒的危害可能是新陳代謝紊亂、機體免疫力下降，以及植物神經紊亂。
1、新陳代謝紊亂：作息不規律會導致人體正常的新陳代謝節奏受到影響，所以就會影響人體的基礎代謝率，當脂肪和糖的代謝紊亂，長時間的情況下就可能引發肥胖，增加患有高血壓、糖尿病等疾病的風險。
2、機體免疫力下降：因生物鐘顛倒導致身體的新陳代謝功能減弱后，就會影響身體狀態的正常修復，進而容易導致機體免疫力下降，使得機體更為容易受到致病菌的入侵，導致身體健康受到一定損害。
3、植物神經紊亂：植物神經紊亂屬于一種內臟器官功能失調的綜合征，容易導致循環系統、消化系統等受到影響，而生物鐘顛倒可能造成交感神經持續性興奮，從而容易引發植物神經紊亂，導致患者出現頭痛、頭暈、心悸、易怒、失眠、尿急、腹脹等癥狀。
為避免生物鐘顛倒對身體健康造成損害，建議患者平時養成規律作息的習慣，盡量不要熬夜。如果因生物鐘顛倒已經造成身體不適，除了調整規律作息，還可根據實際情況及時前往醫院就診，遵醫囑做好針對性處理，以免病情發展嚴重導致身體健康受到更為嚴重的損害。