麻仁丸如果遵醫囑正確使用，一般沒有副作用，但是未遵醫囑長期使用麻仁丸，可能導致患者出現胃腸道功能紊亂等副作用。麻仁丸的組成成分中，沒有成癮性的藥物，所以機體不會對麻仁丸產生生理性、精神性的依賴和需求，因此沒有依賴性。
麻仁丸由火麻仁、杏仁、大黃、枳實等藥物組成，可用于治療腸道積液不足所引起的便秘癥狀。麻仁丸中火麻仁，具有潤腸、通便等作用，大黃可以瀉火，杏仁可以降瀉、潤腸，枳實可以行氣，以增強腸道的蠕動。以上藥物配伍，可以起到潤腸、瀉熱、緩下、通便的作用。但如果長期使用麻仁丸，可能會出現便秘加重，同時麻仁丸中的大黃含有蒽醌類物質，可能會對腸道黏膜細胞造成損傷，導致結腸黑變病。
單純使用麻仁丸，只能暫時緩解便秘癥狀，對于長期便秘的患者應前往醫院完善檢查，判斷是否存在肛門、直腸病變以及腸道畸形等疾病，并根據病因進行根治性治療。